D'après Michel Guironnet : «St Clair du Rhône, son histoire» (1980)

Le village aurait été fondé au 1er siècle avant Jésus Christ, en même temps que Condrieu, par des Helvètes venus du Jura après un traité signé avec Jules César en 59 avant Jésus Christ, à moins qu’il n’ait été simplement habité par les Allobroges, peuplade gauloise qui aurait accepté de s’allier à César, l’occupant romain. Quoi qu’il en soit, le site est habité dès le 1er siècle après Jésus Christ, comme en atteste la découverte en 1962 de tout un village gallo-romain et la présence sur le site, de mosaïques, de tegulae (tuiles), de poteries et d’une statue en calcaire décapitée qui orne désormais l’entrée de la nouvelle mairie.
Après être passé sous la tutelle franque, le village appartint au compté du Viennois.
Quant au nom de Saint Clair du Rhône, il viendrait de celui d’un enfant du pays, Clarus, né en 590 après Jésus Christ au Gabion (hameau du centre du village), qui devint abbé du monastère Saint-Marcel à Vienne. Remarqué par sa vertu, son don de prophétie (il annonça les futures invasions des Vandales et des Sarrasins) et même ses miracles (un paralytique aurait été guéri le jour de sa mort en 660), il fut canonisé au 9ème siècle et on donna son nom à son village natal. En tout cas le nom de Saint Clair du Rhône apparaît pour la première fois dans une bulle du pape Adrien IV, se rapportant aux territoires appartenant à l’archevêché de Vienne en 1157.
Au moyen âge, Saint Clair du Rhône était, comme tout l’actuel Dauphiné, « terre d’Empire », le Royaume de France étant de l’autre côté du Rhône qui constituait une véritable frontière. Les habitants des deux rives s’affrontèrent à plusieurs reprises en de furieux combats avec des alternatives de succès et de défaites. Un château fort se trouvait sur la colline de la Madone, il en subsiste de nos jours un pan de mur. En 1332 il fut attaqué par les troupes du bailli de Mâcon sur ordre du Roi, en représailles d’une incursion de 10.000 Viennois qui pillèrent Condrieu deux ans auparavant. L’affaire se termina par le massacre de la garnison de Saint Clair du Rhône, la destruction du château, de l’église et du bourg.
En 1349, le comte d’Albon cède le Dauphiné au Roi de France, dont le fils aîné portera dès lors le nom de Dauphin. C’est sans doute vers cette époque que le bourg des Roches, jusqu’alors dépendant de Condrieu, est rattaché à Saint Clair du Rhône qui souffrit ensuite des Guerres de Religion. Le château rebâti fut à nouveau ruiné sous Henri III, à l’époque de la Ligue. La position stratégique de Saint Clair du Rhône, au bord du fleuve, ne lui garantissait pas la sécurité. Sous la Réforme, les troupes du Baron des Adrets incendièrent le village et l’église en 1562. En 1639 on note l’installation à Saint Clair du Rhône de Louis GRUBIS dont le fils Pierre sera nommé sous Louis XIV capitaine châtelain de Saint Clair du Rhône avec ses armoiries (qui furent plus tard reprises, en y ajoutant un dauphin, pour créer le blason de Saint Clair du Rhône). Au moment de la Révolution Française, Les Roches de Condrieu et Saint Clair du Rhône, qui ne formaient qu’une seule commune, se séparèrent. Les relations de cet évènement et des différends qui le suivirent sont complexes et varient selon leurs auteurs. On raconte qu’en 1802 « les mariniers des Roches de Condrieu obtinrent la séparation d’avec les paysans de Saint Clair du Rhône ». Les deux communes devinrent indépendantes.
En 1875 est érigée sur la colline dominant le village la statue de la Madone, à l’initiative d’Emile Faure (maire de la commune de 1839 à 1852). Il voulait ainsi remercier la Vierge d’avoir épargné tous les soldats saint-clairois partis à la guerre de 1870. Cependant, Saint Clair du Rhône, devenu un petit village d’agriculteurs et de quelques vignerons, périclite. La population diminue inexorablement, passant de 683 en 1855 à 412 en 1901. C’est alors que les industries chimiques vont venir s’installer dans le site proche du Rhône et de la voie de chemin de fer PLM. Dès lors, la population va régulièrement s’accroître : 1000 habitants en 1933, 2300 en 1963, 3650 en 1999, plus de 3850 en 2003. En effet, la Compagnie des Produits Chimiques et des Matières Colorantes créée par un ingénieur lyonnais Mr Rogemond, s’installe en 1916 aux Roches de Condrieu pour s’établir dès l’année suivante à Saint Clair du Rhône. Changeant plusieurs fois de raison sociale dont la plus connue reste celle Francolor, elle connaît son apogée vers 1950 avec près de 1000 salariés, avant d’être emportée par la crise de la chimie jusqu’à la fermeture en 2004 de l’entreprise devenue Stahl et le licenciement de ses 147 derniers salariés. Une autre entreprise chimique a contribué au développement de la commune : la société Progil, spécialisée dans la production de phosphates de sodium et de sulfure de carbone. Installée à Saint Clair du Rhône en 1917, elle aussi, elle fut absorbée par Rhône-Poulenc en 1975 et rattachée à Roussillon en 1993.


Rien n'a subsisté, ou presque, de l'ancien château de Saint Clair, qui se trouvait à l'emplacement de la statue de la vierge, au dessus de Burieux. A 271 m d'altitude, le site domine la plaine du Rhône et offre une large vue sur les alentours. Il occupe une butte nettement dégagée du relief environnant, aux pentes abruptes. La topographie du lieu est rendue d'une lecture difficile par l'aménagement de plusieurs chemins (dont un récent, menant à un relais de télévision...), par les travaux liés à l'installation de la statue (Notre Dame de bon secours, 1875), autant que par des broussailles envahissantes. Le site se compose d'un tertre au relief plutôt mou, portant la statue de la vierge [motte castrale probablement], et d'une terrasse quadrangulaire formant la basse cour, sur laquelle se devinent les traces de murs arasés ; un léger fossé sépare ces deux aménagements de terre. De l'enceinte du bourg est conservé en élévation un fragment de mur, d'une quinzaine de mètres de longueur, descendant dans la pente côté plaine. Il ne présente aucune ouverture caractéristique permettant une quelconque datation; on remarquera cependant qu'un chemin de ronde et son parapet le couronnent. Il n'a pas été possible de suivre le tracé de ce mur d'enceinte sur l'ensemble de son pourtour.
Le terme de villa de Saint Clair apparaît en 1157 dans la bulle du pape Adrien IV confirmant les possessions de l'église et du chapitre de Vienne, et c'est encore un vocabulaire vague qui désigne le lieu en 1194, lorsque Guy de Moras et Gautier Gilbergi vendent à l'église de Saint Maurice de Vienne, leur droit sur la terre de Saint Clair, pour le prix de 32 livres. Aucun chevalier, aucun noble portant le nom de Saint Clair n'est attesté par les textes. Une petite centaine d'années plus tard, l'existence d'un château n'est plus assurée, lorsque Alamand de Condrieu fut fait obédiencier de la majeure partie de Saint Clair et chargé de sa défense, le 24 février 1286.
Le château de Saint Clair du Rhône constituait alors l'une des rares possessions directes de l'église de Vienne dans le territoire de l'actuel canton de Roussillon, et fut la cause de plusieurs conflits de limites tant avec le territoire delphinal d'Auberives (surtout entre 1292 et 1310), que, plus gravement côté nord, face aux possessions de l'archevêque de Lyon à Condrieu. Dès la fin du XIIIème siècle, des conflits s'étaient élevés entre Saint Clair et Condrieu ; Ils se réveillèrent quelques années plus tard, menant l'église de Vienne à faire le siège du bourg fortifié de Condrieu, puis à signer un pacte de guerre liant le chapitre, l'archevêque, la ville de Vienne et le dauphin. Un traité de paix fut signé en 1315. Les hostilités reprirent en 1332 et Lyon reçut alors l'appui du roi de France, Philippe, intervenant comme suzerain de l'église de Lyon. pour ne s'être pas rendu à la comparution ordonnée par la France, le parti des Viennois eut à connaître les foudres du bailli de Mâcon, chargé de régler l'affaire par le roi : il passa le Rhône avec une force armée, s'empara du château de Saint Clair et le pilla, enlevant la relique de Saint Clair de l'église paroissiale...
Dans son acte de reddition toujours en 1332, le chapitre de Vienne s'engagea à ne pas reconstruire le château, qui dès lors dépérit.

Sur l'étude et la proposition de Mr Gourbière, secrétaire général de la mairie, un blason a été réalisé le 24 juin 1971.
Ce blason comporte des armoiries qui se lisent ainsi, sur un tiercé en fasce, de haut en bas :
(1 et 2 représentent une partie du blason de la très ancienne famille GRUBIS dont Pierre était conseiller du roi en 1690).

La commune, autrefois exclusivement rurale, a traversé aux 19 ème et 20 ème siècles les grands événements de l'histoire nationale sans en subir aussi gravement les effets que dans le passé.
En particulier lors de la guerre franco- allemande de 1870, tous les mobilisés rentrèrent dans leurs foyers. C'est en reconnaissance de cet heureux dénouement que la statue de la Madone fut érigée sur la colline à laquelle elle donne son nom. Ceci à l'initiative de M. Emile Faure. A la suite de la première guerre mondiale 1914-1918, ce sont 25 noms d'enfants du pays sur une population d'environ 500 habitants qui furent inscrits sur le monument aux morts érigé à leur souvenir, 5 autres noms les rejoignent à la suite du conflit de 1939-1945.
La commune de Saint Clair du Rhône doit son développement économique et démographique à deux entreprises chimiques qui s'implantent sur son territoire à partir de 1917. Celles-ci s'installent sur des terrains non inondables délimités à l'ouest par le Rhône, et à l'est par la route départementale et la ligne ferroviaire du PLM.

C'est en 1917, soit un an après son installation sur la commune voisine des Roches de Condrieu, que la Compagnie Française de Produits Chimiques et de Matières Colorantes transfert ses installations à Saint Clair du Rhône. Son objectif est d'envergure : occuper le marché des colorants synthétiques alors apanage des sociétés allemandes. Prospère, l'entreprise se développe rapidement. Elle fusionne avec d'autres sociétés pendant la seconde guerre mondiale, prenant l'appellation Francolor, avant de passer aux mains de grands groupes industriels (Ugine-Kuhlmann dans les années 1960, Péchiney en 1971 puis Ici, ZENECA et enfin STAHL. La production initialement axée sur les colorants au souffre destinés à l'industrie textile, se diversifie grâce à la fabrication des colorants indigoïdes qui ouvre la voie à d'autres marchés tels que le papier, l'encre, le bâtiment et surtout le cuir.
En 1917, une seconde entreprise, la société Progil rejoint le site. La nouvelle usine est implantée immédiatement au nord de la précédente. Elle produit du phosphate de soude puis, à partir des années 1930, des lessives. L'usine se développe également considérablement et intègre le groupe Rhône Poulenc en 1969. Sa production, qui se diversifie, évolue vers les produits de base pour engrais, alimentation animale, agroalimentaire ou détergents. Les architectures des bâtiments industriels, générés par ces deux sociétés, sont très caractéristiques de l'industrie chimique. Les premières constructions sont plutôt de grandes halles à pans de fer hourdés de moellons de mâchefer qui sont établies "autour" des machines de production. Pour des questions de sécurité, celles-ci sont pourvues de charpentes métalliques et surmontées d'un lanterneau pour l'aération. Peu à peu, dans un souci d'économie et suite à l'invention de nouveaux procédés techniques (thermorégulation par exemple), les équipements et les machines (tuyaux, gaines, etc...) sortent des murs et prennent place, à la vue de tous, à l'intérieur d'imposantes ossatures en béton armé puis métalliques.
Face à leur développement et au besoin en main d'oeuvre, les deux sociétés adoptent une politique de construction de logements à destination de leur personnel.
Ces politiques, très proches, évoluent d'une même façon : logements collectifs vers 1930, habitations individuelles avec accès à la propriété à partir de 1950. Les matériaux de construction employés pour cet habitat sont peu coûteux et non originaux : comme la majorité des édifices présents sur la commune, celui-ci est bâti en moellons de mâchefer sur un soubassement en béton. Francolor est à l'origine de deux cités ouvrières. La cité Berthelot, érigée en 1930 aux abords de l'usine, réunissait 22 maisons de 4 logements réservées aux ouvriers mais aussi aux contremaîtres. Les ingénieurs, quant à eux, disposent de 7 villas de 2 logements construites de part et d'autre d'une rue située dans le prolongement est du bourg. Suffisamment éloignées de l'usine, elles bénéficient d'un environnement de qualité. Leur architecture, particulièrement soignée, s'inspire des villégiatures de l'époque avec faux pans de bois peints et bandeaux en béton armé. La seconde cité ouvrière est plus tardive puisque construite en 1952. Composée de 18 maisons jumelées, elle est établie sur le plateau de Glay, dans une zone totalement agricole et distante de plus de 2 km du site chimique. L'ensemble de cet habitat forme un tout peu homogène, dispersé sur le territoire de la commune. Progil, au contraire, rassemble ses logements le long de la route principale, sur une parcelle reliant le site chimique à la commune voisine Les Roches de Condrieu. La construction des cités ouvrières intervient en trois temps, avec un éloignement progressif par rapport à l'usine : 24 logements, répartis en 8 bâtiments, sont bâtis à proximité du site de production dès 1928, puis ce sont 16 chalets qui forment en 1950 le clos Champin suivi, en 1962, de 8 maisons de contremaîtres. Un peu plus au nord, et en limite de commune, 2 maisons d'ingénieurs construites en 1928, avec leur façades en placage de pierre et leur décor en béton de faux pans de bois, rappellent une certaine architecture francilienne. Comme pour Francolor, l'habitat de Progil traduit de façon évidente les hiérarchies professionnelles.
Depuis les cités les plus proches des usines furent détruites : les cités Progil en 1964 et les cités Berthelot en 1987.